FAQ

什麼樣品適合使用層光顯微鏡？

當你想要快速取得大範圍的立體影像，層光顯微鏡就是你最佳的選擇。此外你還需要考慮樣本本身的透明度，如果你的樣本本身就有一定程度的透明，像是發育中的胚胎，那麼你可以直接使用層光顯微鏡來觀察。如果樣本比較不透明就需要採用透化的步驟來處理樣品，與我們的機台相容的透化方式包含了 CLARITY 、 CUBIC R+ 、 PEGASOS 。如果你的樣品較小，我們推薦使用擴展顯微鏡（Expansion Microscopy， ExpansionMicroscopy.org）來處理樣品，同時增加透明度及有效解析度。

層光顯微鏡上機前有什麼注意事項？

如果你的樣本需要經過透化步驟，上機前需要準備足夠量的上機用透化溶液（BLX-2 需要 100 ml 、Zeiss lightsheet Z.1 需要 50 ml）

並且使用全部上機的透化溶液與預先透化好的樣本浸泡24小時以上，以確保透化步驟完全，也就是除了樣本看起來透明外，樣本與樣本槽內的透化溶液需達成折射率一致，看不出明顯的邊界。如果你的樣本是運用擴展顯微鏡術處理的，請確定讓樣本在50 ml 的純水中浸泡至完全伸展

(> 12 小時) ，避免樣本在掃描時繼續膨大。

層光顯微鏡得到的資料要用什麼軟體處理？

BLX-2 所擷取的資料原始檔案為單張16 bits Tiff 格式，任何能讀取 16 bits Tiff 格式的軟體都可以打開它。我們推薦的軟體為開源的Fiji/ImageJ (https://fiji.sc)。我們會把同一位置不同深度，或是同一位置不同時間的檔案放置在一個資料夾下，可以運用讀取連續資料的方式（Fiji menu: File --> Import... --> Image sequence...）讀入一整個 Z-stack 或是 Time serial。如果你的資料為 multi-tiles 的格式，我們會將原始資料縮小後拼合為單一 Tiff 格式。因為拼合後的檔案比較大，如果電腦記憶體不足時可以使用虛擬堆疊的方式載入（Fiji menu: File --> Import --> Tiff Virtual Stack）。載入後的檔案可以用 Orthogonal View ( Fiji menu: Image --> Stacks --> Orthogonal View) 觀察樣本任意正交切面的訊號。或是以 Volume Viewer / Clear Volume / 3D Viewer 即時觀察任意角度的立體影像（樣本大小需小於 2G 或是 1/3 GPU memory，可以先用 Image --> Scale 將檔案縮小）。除了 Fiji 之外，使用也可以運用 Imaris Converter (免費) 將檔案轉換為 Imaris 格式後用 Imaris 進一步處理，或是單純使用 Imaris Viewer (免費) 來觀察3D 投射的影像。